正当《葫芦兄弟》热映时，一些网民指出影片部分内容“很黄很暴力”。网民们认为，影片中，“蝎子用尾巴勾住了葫芦娃的裤衩，使劲扯，前头几下，没扯下来……后来一用力，嘶，葫芦娃正面全裸。”除了正面全裸的镜头以外，片中的血腥镜头也不少：老头砍毒蛇，柴刀卡在蛇头上，一片血淋淋；还有小妖们，被葫芦娃打得头破血流，四肢不全，穿山甲血溅山谷，老头被当场刺杀，画面一片血腥。

《魔比斯环》海报

《潜艇总动员》海报

　　和《葫芦兄弟》一样，细数近年来的国产动漫，饱受质疑者比比皆是。与《葫芦兄弟》同期上映的国产三维动画大片《潜艇总动员》，影片上映１０天累计票房只有２７０万，有评论认为“模仿痕迹重”。２００６年国产魔幻大片《魔比斯环》投资１．３亿，不仅票房惨败，而且被批“套用西化的情节和人物造型，缺少民族文化元素”。国产动画似乎总是难如观众口味，这让国内的动漫制作商们倍感压力。
　　南京鸿鹰动漫公司行政副总陈德俊表示，自从事动漫这个行业以来，他几乎都没有听到过公众对国内的动漫作品有过好的评价。“这有些不正常，不管是怎样的作品，它都凝聚了一批人的心血，人们在观赏之时应给予一定的尊重。至于片子本身的优、缺点都是可以探讨的，毕竟中国的动漫产业所走的路还不够长。”
　　《葫芦兄弟》的票房足以说明它确实是受到观众的喜爱的。虽然，它可能还有一些缺点，但公众在评价之时还是应该全面考量，而不能因一叶之遮不见整个树林。